Die Forschungsgruppen arbeiten auf ausgewählten Gebieten der Physik und anderer Naturwissenschaften mit dem Schwerpunkt "Supercomputerorientierte Forschung und Entwicklung". Zur Zeit sind folgende Gruppen eingerichtet:

• Forschungsgruppe Elementarteilchenphysik bei DESY-Zeuthen
  Leiter (seit Juli 2009): Dr. Rainer Sommer
  
• Forschungsgruppe QCD-Thermodynamik bei GSI Darmstadt
  Kommissarischer Leiter (seit Juli 2009): Prof. Dr. Frithjof Karsch
  
• Forschungsgruppe "Computational Materials Physics" im Forschungszentrum Jülich
  Leiter (seit April 2011): Prof. Dr. Martin Müser
  

Ehemalige Forschungsgruppen

• Forschungsgruppe Computergestützte Biologie und Biophysik in Jülich
  Juli 2005 bis Juni 2008
  Leiter: Prof. Dr. Ulrich Hansmann
  
• Forschungsgruppe Elementarteilchenphysik
  2007 - 2009
  Leiter: Prof. Dr. Zoltán Fodor
  
• Forschungsgruppe Elementarteilchenphysik in DESY-Zeuthen
  2000 - 2006
  Leiter: Dr. Karl Jansen
  
• Forschungsgruppe Komplexe Systeme in Jülich
  Juli 1997 bis Juni 2005
  Leiter: Prof. Dr. Peter Grassberger